ペットの種類や性格にもよるので一概にこういうのがいいですよとは、言い切れませんが、今回は猫ちゃんを想定しての回答をさせてもらいます。
まずニオイですが、消臭剤など色々なアイテムが出ている中で、建築の視点から回答させてもらいます。まず、有名なのはエコカラットというタイル状の内装材です。
クロスの上からも適切な工事をすれば問題なく、ほしい場所に 予算や各お宅の現状に合わせて貼ることができます。DIYでも不可能ではありませんが、最寄りの工務店さんに相談してみたはいかがでしょうか。
次に床や壁の傷ですが、猫の場合はその猫のしつけ方や習性などにより思った通りの行動にならない場合もありますが、床はある程度傷がつくものとして仕方がないのではないでしょうか、もちろん傷のつきにくい商材もあるので、皆さんのお考えを重視して一長一短をしっかりと説明をしてくれる工事店、大工さんにお願いすることがベストではないかと思います。
最後にキャットウォークやキャットタワーはつくる事が可能ですが、既成のモノを取り入れながらそれを連結させていく事などで、費用面や使いやすさを演出できるので、相談して任せっきりにならないように進める事がよい猫との共生につながると思います。
あくまで、ひとつの意見として参考にしてもらえたらと思います。